Nel 2004 esce Silent Hill 4: The Room, sviluppato da Konami. Uno dei capitoli più simbolici, claustrofobici e onirici di tutta la serie, probabilmente. Anche questo gioco esce per Playstation 2.
Come al solito, a noi interessa la trama. Il protagonista è Harry Townshend, una ragazzo di 30 anni, fotografo per hobby, da poco trasferitosi nell'appartamento 302, al primo piano di un edificio in Ashfield, vicino a Silent Hill. Incubi ogni notte tormentano il giovane, ma un certo giorno si ritrova letteralmente prigioniero in casa sua. La porta è sbarrata da catene e lucchetti e riporta la scritta: non uscire, Walter. Con le finestre ugualmente sigillate e il telefono fisso muto, il ragazzo non sa come uscire.
Dopo 5 giorni, però, appare un buco nella parete del bagno. In realtà è un portale in cui Harry si avventura armato da un tubo di ferro. Si ritrova in una fermata della metropolitana insieme a Cinthya una ragazza convinta di vivere in un sogno. Costei entra in un bagno ma scompare.
Harry torna a casa usando in senso opposto il portale, ma quando torna in metropolitana, trova nel medesimo bagno un manichino della ragazza con delle monete per entrar in metro. Harry va a cercarla e la ritrova solo ormai morente e coperta da varie ferite con il numero 16121 inciso nel petto.
Di nuovo in casa, Harry vede che i vicini cercano di aprire la porta e si accorge di un altro foro nel muro che gli permette di guardar la sua vicina di nome Eileen. Intanto un0ambulanza porta via un corpo dalla metro, e qui si comprende come chi muoia nella realtà alternativa tipica di Silent Hill, muore anche nella realtà normale.
Usando ancora il portale ,stavolta il ragazzo si ritrova nei boschi intorno Silent Hill dove trova Jasper Gein, che gli descrive il Culto della Mother Stone, una pietra in grado di far comunicare vivi e morti. Purtroppo, il culto per eseguire i riti previsti utilizza i bambini di un orfanatrofio. Qui, Harry trova Jasper coperto di fiamme e sul corpo carbonizzato inciso il numero 17121.
Tornato a casa, Harry si tuffa nel terzo viaggio che stavolta lo trasporta fin in una prigione acquatica sul lago Toluca dove i cultisti hanno segregato alcuni orfani. In questo luogo incontra Andrew DeSalvo che gli racconta chi era Walter Sullivan ,un bambino abbandonato dai genitori proprio nell'appartamento di Harry e che il culto ha utilizzato per la resurrezione della Santa Madre. DeSalvo, vittima di un altro rito, muore annegato con il numero 18121 inciso sul corpo.
Nel quarto viaggio, Harry si ritrova a South Ashfield vicino al complesso di appartamenti nel quale vive. Mentre si aggira in quel luogo, incontra Richard Braintree, un vicino di casa. Costui gli spiega che anche Joseph, il vecchio inquilino del suo appartamento, ha subito il medesimo destino di restar intrappolato nello stesso incubo. Una sedia elettrica nel suo appartamento farà morire Braintree con il numero 19121 inciso sulla fronte.
Quinto viaggio ed Harry si ritrova nel complesso di appartamenti dove vive ma non riesce a rientrare nel suo, perchè chiuso dall'interno. Incontra poi Walter Sullivan prima discoprire che anche Eileen è stata vittima di un tiro ed è gravemente ferita. Sul suo corpo trova inciso il numero 20121. Appare un bambino che si rivela essere Sullivan da piccolo, una delle due manifestazioni del fantasma di Sullivan.
Ritornando nel suo appartamento, il ragazzo scopre che il buco nel bagno è sparito. Allora, tramite le placche trovate nei viaggi e un disegno stregato trovato sotto la porta d0ingresso. crea un altro portale all'interno dello sgabuzzino.
Nel sesto e ultimo viaggio, Harry si trova nell'ospedale Saint Jerome, dove vede in una stanza Eileen con un braccio fasciato e una benda su un occhio. La porta con sè e muovendo l'ascensore scopre un passaggio nascosto che conduce a una scala a spirale in discesa. Si ritrova quindi a riattraversare i mondi già visti, ognuno dei quali presenta la stessa scala a spirale.
Negli appartamenti, dove può andare solo Harry, si verificano strani fenomeni quali finestre mobili, fantasmi che appaiono, macchie enormi. Il giocatore dovrà scegliere se disinfestarlo o non farlo.
Alla fine dell'ultima scala, ritrova il suo appartamento pieno di candele sacre utili a scacciare spirti maligni. Poi vede il fantasma del precedente inquilino, Joseph Scralber che gli parla di Walter Sullivan. Unendo le pagine del diario di Joseph, ricostruisce quasi per intero la storia di Sullivan. Abbandonato da piccolo voleva far resuscitare la madre innestando il culto della Santa Madre - I 21 Sacramenti che consisteva nell'uccidere 21 persone. dopo i primi 10 delitti viene arrestato ma si uccide in carcere. 4 anni dopo la sua morte, riprendono gli omicidi rituali fino ad arrivare a Harry. Joseph gli spiega che lui e Eileen sono le ultime vittime della serie dei 21 omicidi. Infine potrà risorgere la Santa Madre, un demone infernale venerato da Walter come un angelo caduto.

Tuttavia, la 21esima vittima ,cioè Harry, ha il poter di interrompere il rituale. Joseph implora Harry di ucciderlo per fermare Walter. Poi suggerisce a Harry di cercar il cuore di Walter nascosto da qualche parte nel condominio. Lasciato Joseph, trova un piccone infisso nel muro del suo appartamento. In quel punto scopre una stanza segreta dove Walter è crocifisso con il numero 11121 inciso sui piedi. Nel suo cappotto, Harry trova le chiavi con le quali sbloccare la sua porta d'ingresso per ritrovarsi però nell'ultimo mondo.

Ritrovata Eileen, Harry arriva nell'appartamento del custode, dove trova un cordone ombelicale che era collegato a Walter quando fu ritrovato appena nato dal custode stesso. Il ragazzo torna nel suo appartamento ma nella stanza segreta con il crocifisso ,non vede più il cadavere di Sullivan. Al suo posto c'è una grande chiazza rossa sul pavimento ovvero un altro portale che trasporta Harry in un ambiente dove combatte contro Sullivan. Harry ritrova poi Eileen in trance che cammina verso una sfera acuminata che potrebbe ucciderla. Un essere mostruoso si contorce appeso a ganci di ferro: il demone che Sullivan voleva far risorgere. Harry vorrebbe attaccarlo di nuovo ma Walter è invincibile. Raccogliendo lance per terra, Harry capisce che ferendo il mostro ferisce anche Walter., infine uccidendolo prima che Eileen finisca male.
Seguono 4 possibili finali.
Fuga. Harry e Eileen si salvano e dopo un breve ricovero della donna in ospedale, fuggono dagli appartamenti in Ashfield South per dimenticare il loro incubo.
Madre. I due si salvano ma dopo il breve ricovero di Eileen, tornano a casa e Harry scopre il suo appartamento infestato.
Morte di Eileen. Harry fugge dall'arena dello scontro finale ma lo scenario trema violentemente e lui si risveglia nella sua camera. L radio diffonde la notizia che trai corpi ritrovati c'è anche quello di Eileen.
21 Sacramenti. Il rituale è stato terminato. Eileen è morta ed Harry è deceduto nella sua stanza completamente infestata. Lo spirito di Walter Sullivan è ora in grado di tornare nell'appartamento 302.
Questo gioco, molto diverso dai tre precedenti della stessa serie, è piaciuto non a tutti, e comunque le sue dinamiche sono state in seguito rivalutate.